MSc thesis projects

You can now find our thesis projects on the website of the Laboratory of Genetics of Wageningen University, under ‘MSc and BSc projects‘ at the bottom of the page.

Advertisements

An ending, and a new start

Valentijn has very successfully defended his thesis.

Abel, MSc student Biology, will continue on the topic that we started together with Valentijn. Exciting stuff happening in the lab – looking forward to learn more!

Would you also like to do your MSc thesis on the evolution of interactions between bacteria derived from urinary tract infections? Just drop me a line!

Meer aandacht nodig voor beperking van antibioticagebruik onder kwetsbare ouderen

[in Dutch – press release] Amsterdam, 13 December 2015 – De publiekscampagne van minister Edith Schippers van het ministerie van VWS tegen antibioticaresistentie speelt een belangrijke rol in bewustwording van de problemen die met antibioticagebruik kunnen samenhangen. Het is belangrijk het bewustzijn hierover te vergroten bij zowel patiënten als behandelaars. Niet alleen omdat bacteriële resistentie kan optreden, maar ook omdat de antibiotica bijwerkingen kunnen geven. Belangrijk om rekening mee te houden, want 20% tot 60% van de verpleeghuisbewoners krijgt antibiotica voorgeschreven voor urineweginfecties (1). De campagne is hiervoor een goed begin. Maar ze bereikt niet de verzorgenden in verpleeghuizen, waar juist deze ouderen tot de meest kwetsbare groepen behoren. Zeker als sprake is van incontinentie, en daarmee van een verhoogd risico op urineweginfecties. Beide wijzen op een verstoring van de microbiële balans in de blaas.

Dr ir Marjon de Vos, onderzoeker Wageningen University, onderzoekt bacteriën die zijn geïsoleerd uit oudere patiënten met urineweginfecties. ‘Zij blijken in veel gevallen geïnfecteerd te zijn met meerdere ziekteverwekkers tegelijk‘, vertelt ze. ‘Die ziekteverwekkende bacteriën hebben allemaal verschillende resistentieniveaus. Bekend is dat veel van de terugkerende urineweginfecties wordt veroorzaakt door dezelfde pathogenen, tot drie jaar na de oorspronkelijke infectie. Met andere woorden: deze patiënten zijn kwetsbaar voor een infectie en profylactische antibiotica werken niet altijd voor deze populatie.’
De Vos onderzoekt momenteel of de aanwezigheid van meerdere ziekteverwekkers de verdere ontwikkeling van antibioticaresistentie beïnvloedt. Als dit inderdaad het geval is, dan zou dit betekenen dat deze infecties nog moeilijker te behandelen zijn dan al wordt aangenomen. Het onderstreept het belang van het afnemen van een kweek alvorens te behandelen, zeker bij ouderen die extra kwetsbaar zijn. De bacteriën die een urineweginfectie veroorzaken komen vaak uit de darmen. Toediening van antibiotica doodt niet alleen de ziekmakende bacteriën, maar ook de normale bacterieflora. Dit vergroot de kans om vervolgens weer geïnfecteerd te raken met bacteriën die al resistent zijn tegen antibiotica. Ander onderzoek heeft aangetoond dat ook gezonde vrouwen die geen ziektesymptomen hebben geen steriele blaas of urine hebben (2). Het is dus zaak heel gericht de juiste ziekteverwekkende bacteriën te ehandelen. Toch weten we dat 30% tot 50% van de antibiotica niet conform de richtlijnen wordt voorgeschreven (3). Het budget voor patiëntenonderzoek is beperkt.’

Nicole Schaapveld, voorzitter van de Stichting Bekkenbodem Patiënten, memoreert hoe het in de dagelijkse praktijk vaak gaat: ‘De patiënt overtuigen van het belang van een gerichte behandeling kost tijd en als een behandelaar die niet heeft, is het eenvoudiger een recept voor te schrijven. Bovendien zijn patiënten vaak pas tevreden als ze een recept voor antibiotica krijgen. Het is dus belangrijk dat niet alleen behandelaars, maar ook patiënten zich bewust worden van het effect van antibiotica in relatie tot bijwerkingen en resistentie. Onder de algemene bevolking lukt dit wel met de campagne die de minister is gestart, maar het is belangrijk ook de verpleeghuizen te bereiken.

Incontinentie is een veel voorkomend probleem onder verpleeghuisbewoners en bij incontinentie ligt altijd het gevaar van urineweginfecties op de loer. Niet alleen bij vrouwen, maar ook bij mannen, zeker als sprake is van prostaatproblemen.
Helaas bestaat echter weinig aandacht voor urineweginfecties, terwijl incontinentie voor urine en vaak ook faeces voor vrouwen en mannen een heel veel voorkomend probleem is. En onder kwetsbare ouderen wel degelijk levensbedreigend kan zijn.’ De noodzaak meer awareness te creëren voor de grote risico’s van terugkerende urineweginfecties werd recent onderkend door een groep urologen tijdens de roundtable “Rethinking antibiotic prophylaxis in rUTIs”, georganiseerd door Women and their microbes. Zij waren van mening dat zij zelf niet de aangewezen personen waren om hierin een actieve rol te spelen, maar vonden dat vooral de verpleegkundig specialisten hierin van waarde kunnen zijn.

Schaapveld: ‘Alles wat preventief kan worden gedaan om urineweginfecties te voorkomen bij kwetsbare ouderen is waardevol, omdat het voorkomt dat antibiotica moeten worden toegediend. Dit begint bij deskundigheidsbevordering van de mensen zelf, maar zeker ook van de mantelzorgers en verzorgenden, omdat veel ouderen niet meer voldoende in staat zijn tot zelfregie. Aansluitend op de bestaande behandelrichtlijn incontinentie door de wetenschappelijke verenigingen NVOG en NVU, zou een richtlijn die is geschreven vanuit het
perspectief van patiënt en verzorgenden een waardevolle aanvulling zijn op de campagne van de minister (4).’

(1) Cijfers uit Engeland. Voor Nederland worden deze data nergens centraal geregistreerd.
(2) J Clin Microbiol. 2012;50:1376-1383
(3) http://www.ateams.nl/node/14updated link 
(4) http://www.gebruikantibioticacorrect.be

From http://womenandtheirmicrobes.com/initiatives/

Change accelerates stalled evolution

Change accelerates stalled evolution

biomolbioandco

Evolution can get stuck. When no mutations are available that can improve the fitness of an organism, evolution cannot proceed. However, using environmental fluctuations that are ubiquitous in nature, evolution can proceed. In the preprint that we posted earlier on the bioRxiv and which has recently been published in PNAS we describe how a transcription factor and its binding site, constraint in the different constant environments, can evolve in fluctuating environments.

Stalled evolution

Concept of fitness landscape. From de Visser & Krug,Nature Reviews Genetics 15, 480–490 (2014) Concept of fitness landscape. From de Visser & Krug,Nature Reviews Genetics 15, 480–490 (2014)

The accessibility of phenotypes in different environments depends on the wiring of the genotype-phenotype map and the translation of this map into fitness. When sub-optimal genotypes are surrounded by valleys in the adaptive landscape, neighboring genotypes are inaccessible and evolution is unable to proceed by single mutational step-by-step positive Darwinian evolution (Figure 1).

View original post 439 more words

Change accelerates stalled evolution

A new manuscript will come out the end of this week.

Researchers of FOM Institute AMOLF and Laboratoire Interdisciplinaire de Physique in Grenoble (France) have shown that the evolution of bacteria can be accelerated when their environment fluctuates in time. The research gives new insights in the evolutionary limitations of organisms and the positive effect of changing conditions, and leads to new suggestions for the evolutionary optimization of biotechnological processes. The work also reveals a flip-side, because evolutionary acceleration can also be detrimental in some cases. For example, the alternating use of antibiotics could increase the risk that bacteria more rapidly evolve resistance against antibiotics. The results will be published November 13 in PNAS.

See link below for press release FOM

http://www.fom.nl/live/english/news/archives/pressreleases2015/artikel.pag?objectnumber=314725

New MSc thesis student in the lab

Two weeks ago Valentijn Jansen, student Molecular Life Sciences, has joined our lab to do his MSc thesis. After some brainstorming and reading up, it’s time for both of us to get started in the lab. Looking forward!

Would you also like to do your MSc thesis on the evolution of interactions between bacteria derived from urinary tract infections? Just drop me a line!